19 июля 2016 года в 03:20 мск транспортный грузовой корабль (ТГК) «Прогресс МС-03» успешно пристыковался к отсеку «Пирс» Международной космической станции (МКС).
Сближение транспортного корабля с МКС проходило по двухсуточной схеме. Стыковка выполнялась в автоматическом режиме под контролем специалистов Главной оперативной группы управления полетом российского сегмента МКС в Центре управления полётами и российских членов экипажа МКС. Корабль доставил грузы для российского сегмента станции: средства жизнеобеспечения и индивидуальной защиты космонавтов, аккумуляторную батарею для системы электропитания, санитарно-гигиеническое и медицинское оборудование, расходные материалы для газоаналитической аппаратуры и системы обеспечения теплового режима, средства для проведения техобслуживания и ремонта бортовых систем, фильтры, емкости для воды и т. д.
Для членов экипажа предусмотрены контейнеры с рационами питания, набор свежих продуктов и посылки с личными вещами. Кроме того, в грузовом отсеке корабля уложены комплекты бортовой документации, элементы питания для видео- и фотоаппаратуры, оборудование для научных исследований и экспериментов. На борту «грузовика» также находятся 22 кг американского оборудования.
17 июля 2016 года с космодрома БАЙКОНУР успешно стартовала ракета-носитель «Союз-У» с транспортным грузовым кораблем (ТГК) «Прогресс МС-03». Пуск был осуществлен в 00:41 мск со стартового комплекса площадки № 31.
Почти через 9 минут после старта ТГК «Прогресс МС-03» отделился от третьей ступени РН «Союз-У» и приступил к выполнению программы полета по 2-х суточной схеме сближения с Международной космической станцией.